次氯酸鈉主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧，新生態氧的極強氧化性使菌體和上的蛋白質等物質變性，從而致死病源微生物。其實，氯氣消毒的原理也主要是以產生出次氯酸，然后釋放出新生態氧[O]的方式。
次氯酸在殺菌、殺毒過程中，不僅可作用于細胞壁、外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌體內，與菌體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應，從而殺死病原微生物。
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