次氯酸鈉消殺最主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧[O]，新生態氧的極強氧化性使菌體和病毒上的蛋白質等物質變性，從而致死病源微生物。其實，氯氣消毒的原理也主要是以產生出次氯酸，然后釋放出新生態氧[O]的方式。根據化學測定，PPM級濃度的次氯酸鈉在水里幾乎是完全水解成次氯酸，其效率高于99.99%。
次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌（病毒）體內，與菌（病毒）體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應，從而殺死病原微生物。同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓，使其細胞喪失活性而死亡。
次氯酸鈉還能夠分解蔬菜、水果等農副產品上所殘存的微量農藥。絕大多數農藥都是由有機物組成的，次氯酸鈉所釋放出來的新態氧能氧化分解掉這些物質。這無疑對現代農業、果蔬包裝業的發展具有重大推動作用。還有值得肯定的是，由于次氯酸鈉發生器所生產的消毒液中不象氯氣、二氧化氯等消毒劑在水中產生游離氯，所以一般難以形成因存在游離氯而生成不利于人體健康的致癌物質；也不象臭氧那樣只要空氣中存在很微弱的量（0.001mg/m3）便會對生命造成損傷和毒害；而且，還不會象氯氣同水反應會最后形成鹽酸那樣，對金屬管道造成嚴重腐蝕。
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